Во исполнение постановления правительства РФ в 1993-1996 гг. были решены вопросы предоставления квот на экспорт добываемой в области нефти в целях решения социально-экономических проблем. Открыто представительство Министерства иностранных дел в Калининграде. В 1992-1993 гг. объединению «Калининградрыбпром» предоставлялся льготный долгосрочный кредит на укрепление материально-технической базы подведомственных предприятий сроком на два года в размере 92 и 500 млн. рублей соответственно. Заключены необходимые межправительственные соглашения с Литовской республикой о принципах сотрудничества и условиях взаимоотношений в области транспорта, международных автомобильном и железнодорожном сообщениях, порядке взаимных поездок граждан России и Литвы, условиях поставки электроэнергии и газа. Министерством транспорта РФ в 1992 г. выделены централизованные капитальные вложения на проведение работ по расширению аэропорта Калининграда, включая реконструкцию склада ГСМ и сооружение мест стоянки самолетов. Однако объемы финансирования были незначительны - 36 млн. рублей. В 1993 г. лимит капиталовложений, выделенный в объеме 700 млн. рублей, профинансирован лишь наполовину; в 1994 г. из намеченных 2,8 млрд. рублей фактически получено только 0,3 млрд. рублей. В 1995-1996 гг. централизованное финансирование объектов аэропорта не предусматривалось вовсе. Не решены проблемы развития в области топливно-энергетического комплекса. Сорвано выполнение задания о вводе в эксплуатацию в 1996 году первого блока ТЭЦ-2 и подземного хранилища природного газа. Выделенные на эти цели в 1992-1995 гг. средства из федеральных источников позволили освоить лишь 4% сметной стоимости объектов. На протяжении 1992-1996 гг. не предусматривалось выделение средств из федеральных источников на реконструкцию ГРЭС-2 , развитие сельской энергетики и закупку для нее оборудования, изготавливаемого за рубежом.
Из года в год не выполнялось задание по финансированию централизованных капвложений, предусматриваемых на развитие социальной инфраструктуры (здравоохранение, образование, коммунальное хозяйство, строительство жилья для учителей и других категорий граждан). В 1993-1995 гг. на эти цели выделен лимит госкапвложений в объеме 114 млрд. рублей (в ценах соответствующих лет). Фактически профинансировано 37,7 млрд. рублей, т.е. всего 33 процента. Не обеспечено поручение правительства предусматривать при формировании инвестиционных программ выделение централизованных капиталовложений и ассигнований на их финансирование для развития производства местных строительных материалов. Средства на эти цели в 1993-1996 гг. не выделялись.
Не выполнено задание по завершению в 1993-1995 гг. строительства объединенных очистительных систем Калининграда, Советска, Немана. За указанный период было выделено 55,7 млрд. рублей, причем профинансированы они были только на 58%. Все намеченные сроки ввода из-за недостатка средств сорваны. Обязательство России прекратить с 1996 года сброс неочищенных сточных вод в бассейн Балтийского моря, принятое в соответствии с международной конвенцией, не выполнено. Из 17 поручений, заданий, определенных постановлением правительства РФ за 1993-1996 гг., выполнено всего 6 поручений.
В декабре 1992 года принимается очередной Указ Президента РФ по вопросам функционирования СЭЗ. Указом освобождаются от обложения таможенной пошлиной товары, произведенные в Калининградской области и экспортируемые из нее, а также товары, импортируемые в область для внутреннего потребления. При этом экспорт рыбы, рыбопродуктов, нефти и продуктов переработки нефти, янтаря осуществляется по лицензиям в объеме установленных квот (приложение № 2 к Постановлению Президента РФ «О лицензировании и квотировании экспорта и импорта товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации» № 854 от 06.11.1992г.). Товары, ввозимые из других регионов РФ в область для внутреннего потребления, освобождаются от обложения экспортной пошлиной. Администрация области должна была предотвратить незаконный вывоз этих товаров за пределы Российской Федерации. Товары, ввезенные в область из других государств и поставляемые затем с ее территории в другие регионы России, подлежат обложению импортной пошлиной. Государственному таможенному комитету поручалось совместно с администрацией „области разработать правила определения происхождения товаров, вывозимых из области. В соответствии с Указом Президента РФ были признаны утратившими силу таможенные льготы, в том числе и по товарам, ввозимым из других регионов России в область для внутреннего потребления.
Проблемы социально-экономического развития Калининградской области в феврале и августе 1993 года дважды рассматривались на совещаниях у заместителей Председателя Совета Министров - Правительства Российской Федерации Г.С. Хйжи и С.М. Шахрая. В частности, обсуждались вопросы введения региональной доплаты (коэффициента) к заработной плате на территории Калининградского региона, компенсации предприятиям рыбохозяйственного комплекса пятидесяти процентов расходов на приобретение топливно-энергетических ресурсов , проведения расчетов с Литвой за поставляемую ею электроэнергию области газом по «бартеру», строительства второй линии магистрального газопровода через территории Белоруссии и Польской республики, оказания финансовой поддержки конверсионным предприятиям области, разработки программы развития области... Главным разработчиком программы развития был определен центральный научно-исследовательский экономический институт (ЦНИЭИ) при Минэкономики РФ.
В декабре 1993 г. Президент РФ принимает Указ «О социально- экономическом развитии Калининградской области». В указе находят подтверждение основные вопросы, содержащиеся в Положении о свободной экономической зоне в Калининградской области, утвержденном Постановлением Совета Министров РСФСР «О первоочередных мерах по развитию свободных экономических зон в Калининградской и Читинской областях» № 497 от 25.09.1991 г. В соответствии с указом предусматривалось предоставление области инвестиционного налогового кредита на осуществление региональных программ сроком на 10 лет, выделение субвенций на 10 лет. Созданным после 1 января 1992 года на территории области предприятиям (в том числе с иностранными инвестициями), относящимся к сфере материального производства, предоставлялся налоговый кредит на прибыль на 4 - 5 лет. Льгота по налогу на прибыль распространялась на предприятия, созданные на базе ликвидированных (реорганизованных) предприятий, их филиалов и других структурных подразделений. Для предприятия сферы материального производства, в том числе с иностранными инвестициями, ставка налога на прибыль снизилась на 50% от общего объема производства. Товары, производимые в области и экспортируемые с ее территории, а также товары, импортируемые в область для внутриотраслевого потребления, освобождались от вывозных (ввозных) пошлин и налога на добавленную стоимость сроком на 10 лет. Товары, импортируемые в область, в случае последующей поставки их в другие регионы России подлежали обложению ввозной пошлины и налогом на добавленную стоимость.
Однако, несмотря на принятие указа, ряд его положений в последующие годы не выполнялся. Инвестиционный налоговый кредит, субвенции для реализации региональных программ социально-экономического развития не предоставлялись. Часть положений указа была не реализована, так как предприятия не смогли поставить на экспорт не менее 50% от общего объема производства.
Во исполнение Указа Президента РФ № 2117 от 07.12.93 принимается соответствующее постановление правительства РФ . Постановлением правительства РФ, так же как и ранее принятыми указами Президента РФ, предусматривалось выделение инвестиционных налоговых кредитов, централизованных капитальных вложений на строительство предприятий агропромышленного комплекса, субвенций и дотаций на развитие автомобильных дорог общего пользования, разработку федеральной программы развития Калининградского региона. Ряду министерств поручались определить на 1994 г. объемы поставки добываемой в области нефти для переработки ее вне таможенной территории России, подготовить долгосрочную программу развития рыбной отрасли, утвердить технико-экономическое обоснование развития аэропорта Калининграда с учетом придания ему статуса международного. Впервые поставлен вопрос о возможности использования автомобильной транспортной трассы Гусев - Голдап - Сувалки - Гродно (в обход территории Литвы через территорию Польши и Белоруссии) в качестве альтернативного транзитного пути.
Во исполнение постановления правительства РФ в 1995 году для осуществления программ социально-экономического развития области была предоставлена бюджетная ссуда в объеме 200 млрд. рублей сроком на пять лет. Однако многие правительственные задания не выполнены. Не выполнено задание правительства о выделении в 1994-1995 гг. централизованных капвложений на строительство предприятий АПК области. Так, в 1994 году лимит капвложений составил 13,8 млрд. рублей, что составило четверть необходимых средств. В 1995 году профинансировано всего лишь 5,9 млрд. рублей капвложений. На развитие автомобильных дорог в 1994-1995 гг. было выделено 39 млрд. рублей, что значительно меньше потребности. Всего из 12 конкретных пунктов постановления правительства выполнено только 5.
Президент РФ в мае 1995 года поручает правительству предоставить главе администрации области право (по согласованию с МИДом России) вести переговоры и заключать в пределах своих полномочий соглашения с административно-территориальными образованиями, а также министерствами и ведомствами иностранных государств; осуществлять мероприятия по приоритетному социально- экономическому развитию области на основе целевых федеральных, межрегиональных и региональных программ; разработать комплекс мер по экономической интеграции области с другими субъектами России, федеральную программу обустройства военнослужащих в области; обеспечить ввод в эксплуатацию автомобильной и железнодорожной паромных переправ между портами Калининград и Санкт- Петербург (Выборг); подготовить проект федерального закона о Калининградской области и договор между федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти области. Впервые в указе определена цель разработки комплекса мер по социально-экономической защите местных товаропроизводителей сельскохозяйственной продукции.
Согласно указу автомобильная переправа между портами Калининград и Санкт-Петербург с использованием паромов «Сахалин» была введена в июне 1995 года (по временной схеме). Однако эксплуатация этого комплекса из-за отсутствия на первом этапе конкретных государственных мер по уменьшению тарифов и привлечению грузопотоков была прервана. Паромы переведены для перевозки автотранспорта и контейнерных грузов из портов Германии. Для обеспечения работы паромной переправы в автомобильном варианте необходимо было решить вопрос о выделении из госбюджета средств на обустройство береговых терминалов в Калининграде в размере 8,7 млрд. рублей, в Выборге - 21,3 млрд. рублей и для формирования льготной тарифной политики - 6 млрд. рублей. Исследования института «ЛенморНИИпроект» показал нецелесообразность использования морально устаревших железнодорожных паромов «Сахалин» по железнодорожной переправе. Всего из 13 поручений указа Президента РФ было выполнено только 7.
Авторами проведен анализ выполнения принятых в 19924995 гг. указов Президента и постановлений правительства РФ в части выделения централизованных капитальных вложений, освоения и их финансирования на различных объектах хозяйственного комплекса и социальной сферы области. В результате установлено, что лимиты составляли 482,3 млрд. рублей, освоено - 332,2 млрд. рублей, а профинансировано - 228,7 млрд. рублей. Из 42 заданий (поручений) фактически было выполнено 16. При этом многие поручения носили характер рекомендаций и не имели четких сроков реализации, исполнения.
В ноябре и декабре 1995 года правительством принимается решение о создании Правительственной комиссии по координации работ, связанных с жизнеобеспечением и развитием Калининградской области. Основная цель создания Правительственной комиссии - повышение эффективности и координации работы по осуществлению федеральной политики в отношении Калининградской области. Председателем комиссии был утвержден А.А. Большаков, заместитель правительства РФ. В состав комиссии входили руководители 20 министерств и ведомств, глава администрации области и командующий Калининградской группой пограничных войск России. На заседании комиссии 9 апреля 1996 года рассматривались итоги выполнения принятых решений федерального центра за 1994-1995 гг. по проблемам Калининградской области. Было отмечено, что ряд поручений не выполняются по различным причинам. Минфину РФ поручалось рассмотреть вопрос о возможности выделения области налогового кредита в объеме 150 миллиардов рублей для завершения строительства жизненно важных объектов на территории области.
В начале 1996 года подписывается договор о разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти Калининградской области, а также Соглашение между правительством РФ и администрацией Калининградской области о разграничении полномочий в сфере образования, науки и культуры, в области обеспечения законности, правопорядка и общественной безопасности на территории Калининградской области.
В январе 1996 года принимается федеральный закон «Об Особой экономической зоне в Калининградской области». Законом предусмотрено создание благоприятных условий для социально- экономического развития области, а ОЭЗ развивать на основе федеральной государственной программы. Функции администраций ОЭЗ выполняет администрация области. Территория ОЭЗ располагается на территории всей области, кроме отдельных объектов.
Законом четко определена инвестиционная и предпринимательская деятельность. Государственную регистрацию юридических лиц и предпринимателей осуществляют органы юстиции области. Представительства и филиалы иностранных юридических лиц открываются по разрешению администрации области которая также проводит лицензирование предпринимательской деятельности, заключает договора по привлечению инвестиций; осуществляет передачу в аренду Российским и иностранным предпринимателям имущества областной собственности и аренду земли (без права выкупа).
Кроме того, в законе определены таможенное регулирование, налогообложение и банковская деятельность, международные отношения и порядок въезда, выезда, жительства, пребывания граждан в Калининградской области.
Кроме закона «Об Особой экономической зоне в Калининградской области» Президентом РФ в феврале, мае и августе 1996 год подписываются еще три указа . Действие указов № 191 и 641 было приостановлено указом № 1208. Этим же указом от 18 августа 1996 года также приостанавливалось решение Правительственной комиссии по выделению Калининградской области 150 млрд. рублей налогового кредита для завершения строительства важнейших объектов.