Существует значительная гибкость в структурировании управленческих аспектов, связанных с выполнением контрольной функции. Важнейшими моментами являются обеспечение эффективности структуры, ее независимость от «линейных» или операционных менеджеров, а также ее соответствие размеру и организационной структуре банка.
Тут, в более крупных банках отдельно взятые контролеры могут находиться в структуре крупнейших департаментов и других операционных единиц (например, в крупном отделении). В такой структуре контролеры имеют двойную подотчетность- руководителю департамента или менеджеру филиала (с точки зрения ежедневного ведения бизнеса) и, с точки зрения политики и оценки состояния- руководителю департамента внутреннего контроля. Необходимо следить за тем, чтобы независимый характер функции контролера поддерживался и признавался со стороны управляющих филиалами и менеджеров операционных департаментов. Департамент внутреннего контроля разрабатывает описание должностных обязанностей контролера, устанавливает и обсуждает специальные задачи, которые должны быть выполнены, а также оценивает их выполнение.
В небольших и недавно созданных банках (характерных для многих развивающихся экономик) использование «на полный рабочий день» контролеров в рамках департаментов или филиалов неэффективно, т.к. объем бизнеса для этого недостаточен. В такой ситуации функция внутреннего контроля централизуется, и контролеры делят свое время между различными департаментами и другими подразделениями в зависимости от возникающей потребности.