Географическое положение Калининградской области обусловило развитие транспортного комплекса, который представлен морским, речным, железнодорожным, автомобильным и воздушным транспортом с соответствующей инфраструктурой. В регионе морские, внутренние водные и сухопутные транспортные артерии объединены в единую систему.

С геополитических позиций основу транспортного комплекса составляют морские порты. С распадом СССР вне России оказались современные перегрузочные комплексы, которые строились в расчете прежде всего на обслуживание российских внешнеторговых грузов (Новоталлинский и Рижский морские порты, Вентспилский нефтехимический перегрузочный терминал).

Важнейшей особенностью морских портов области является то, что они являются незамерзающими, в связи с чем могут принимать и обрабатывать различные суда в течение всего года. Кроме того, порты области в сравнении с другими российскими портами располагаются ближе к странам Западной Европы. К неблагоприятным обстоятельствам использования и развития морских портов области относится необходимость дальнейшего транзита обрабатываемых грузов через территорию других государств (Литвы и Белоруссии) с вытекающими из этого особенностями таможенного и транспортного оформления на железнодорожном и автомобильном транспорте. Указанные факторы снижают в определенной мере народнохозяйственную ценность портов Калининградской области.

Калининградский морской торговый порт (КМТР) - самый западный незамерзающий порт Российской Федерации на Балтийском море. Он расположен в устье реки Преголи при ее впадении в Калининградский залив. Проектная мощность перегрузочных комплексов - 8,2 млн. тонн грузов в год. Протяженность линии причалов - 3 километра, глубина у причалов - 10 метров. Порт располагает крытыми складами площадью - 50 тыс. кв. метров и открытыми грузовыми площадками - 150 тыс. кв. метров. Кроме того, имеются резервуары для хранения химических грузов, в том числе удобрений, объемом 60 тыс. куб. метров. Крановое хозяйство обеспечивает перегрузку грузов длиной до 12 метров и весом до 32 тонн. Основным видом деятельности торгового порта являются погрузочно-разгрузочные работы. В состав порта входят погрузочно-разгрузочные комплексы, вспомогательные хозяйства (автотранспортное хозяйство, мастерские, ремонтно-строительный участок), а также подразделение непроизводственной сферы. Максимальное количество грузов, которое перерабатывалось в морском порту, составило 4,4 млн. тонн (1988 г.) Объем перерабатываемых грузов с 1988 года включительно по 1995 год сокращался и в 1995 году было переработано всего 1,85 млн. тонн. В 1996 году объемы грузов возросли и составили 2,32 млн. тонн. Таким образом, 1996 год в какой-то степени стал переломным в работе морского торгового порта. В 1995 году в порту был введен в эксплуатацию комплекс по переработке жидких минеральных удобрений (3 емкости по 3 тыс. тонн). Совместно с «Газойлом» и швейцарской фирмой «Виарта» построен терминал по переработке навалочных минеральных удобрений мощностью 1,2 млн. тонн в год. За счет собственных средств введены в эксплуатацию первая очередь контейнерного терминала, а также комплекс для приема судов типа «Ро - Ро» и паромов. Ведется строительство склада, который позволит одновременно хранить до 16 тыс. тонн металла. Принимаются меры по увеличению загрузки судов до 23-25 тыс. тонн. В самом порту суда загружаются до уровня, позволяющего пройти по каналу с осадкой до 8 метров, а затем суда догружаются плавкраном с барж в районе, где глубина канала составляет 10 метров. Такая практика позволит полностью использовать тоннаж судов. В порту действуют судоходные линии: американская, паромные линии с Травемюнде и Ростоком, контейнерная линия (порты Англии, Дании, Голландии). Рассматриваются возможности открытия трейлерной линии со Швецией. На территории порта организована работа компаний, которые представляют услуги по экспортированию грузов, фрахтованию судов, перевозке грузов автомобильным транспортом. В порту открыты представительства голландской фирмы «Стейнвег», Сахалинского морского пароходства.