Важнейшей проблемой, сдерживающей развитие сельского хозяйства Калининградской области, является необходимость проведения значительных работ по мелиорации сельскохозяйственных угодий. В зоне избыточного увлажнения находится 1046 тыс. гектаров мелиоративных земель, в которые входят сельхозугодья, земли промышленных предприятий, крестьянских хозяйств. Закрытым дренажем обустроено 665 тыс. гектаров, а открытой сетью - 381 тыс. гектаров. Из общей площади в 1046 тыс. гектаров земель сельскохозяйственные угодья составляют 795 тыс. гектаров, в том числе 697 тыс. гектаров - осушенных и 5 тыс. гектаров - орошаемых.
В числе осушенных земель имеется 98 тыс. гектаров польдерных земель, защищаемых дамбами протяженностью 728 км и 120 насосными станциями с 1171 км каналов проводящей и 11275 км - регулирующей сети. Из них 519 км дамб и 57 насосных станций не соответствуют нормам безопасной эксплуатации и требуют реконструкции и замены насосно-силового оборудования.
Польдерная зона области интенсивно используется в сельском и лесном хозяйстве. В польдерной зоне расположены Славск, Полесск, часть Советска и около сотни других населенных пунктов. Большинство каналов, дамб, насосных станций построены в довоенное время.
Все мелиоративные системы на площади 685 тысяч гектаров за 1946-1995 годы реконструированы и построен за счет средств государственного бюджета. Ремонт и эксплуатация межхозяйственной сети также велись за бюджетные ассигнования.
Вместе с тем с 1992 года стали резко сокращаться объемы финансирования мелиоративных работ. Потребность в средствах на эксплуатацию межхозяйственной сети (крупные каналы, дамбы, насосные станции) за последние годы удовлетворяется только на 10-12 %, внутрихозяйственной сети на 30 - 35 %.
Резкое сокращение капитальных вложений и операционных средств федерального бюджета на ремонт и содержание мелиоративных систем, их реконструкцию уже не может гарантировать защиту от затопления польдерных земель, безопасность проживающего здесь населения и объектов народного хозяйства. Площади земель (по состоянию на 01.01.1997 г.), на которых требуется капитальный ремонт мелиоративных систем, возросли на 100 тыс. гектаров к уровню 1991 года. Начался процесс вторичного заболачивания сельхозугодий.
Значительные изменения происходят в производственной и социальной инфраструктурах сельского хозяйства. Производственная инфраструктура сократилась из-за выбытия основных фондов, неплатежеспособности хозяйств различных форм собственности. Социальную инфраструктуру, которую ранее содержали сельхозпредприятия, не могут принять на свой баланс, из-за отсутствия финансовых ресурсов, органы местного самоуправления.
Основной целью развития сельского хозяйства области должно стать повышение эффективности производства, обеспечение продуктами питания областного рынка продовольствия. Важное значение приобретает государственное регулирование, главная задача которого - поддержка производителей сельскохозяйственной продукции при неблагоприятной конъюнктуре рынка товаров. Не меньшую роль играет и стимулирование крестьянских (фермерских) хозяйств, личных подсобных хозяйств граждан за счет предоставления техники по лизингу, закупки продукции на конкурентной основе, кредитного обеспечения.